Die Schulpastoral am Kollegium Kalksburg versteht sich als prägendes Gestaltungselement des Schullebens. Sie richtet sich grundsätzlich an alle am Schulleben Beteiligten, vorwiegend aber an die Schülerinnen und Schüler. 

Die Angebote der Schulpastoral sind vielfältig: feierliche Gottesdienste zu Weihnachten und Ostern, zum Hausfest und zur Maturantenverabschiedung, die Schulung der Ministranten und Ministrantinnen Adventkranzsegnung und Aschenkreuzfeier, Laudes in der Advent- und Fastenzeit, die Adventaktion, die Feier des Sakraments der Firmung, Gespräche im Schulpastoralraum. Die vielfältigen schulpastoralen Angebote verstehen sich als Beitrag zur Förderung der Charakterbildung, zur Entwicklung einer persönlichen Gottesbeziehung und als Hinführung zu sozialer Verantwortung: 

Diese Angebote entfalten die traditionellen Werte der ignatianischen Pädagogik - competence (Wissen), conscience (Gewissen), compassion (Gespür) und commitment (Engagement). Die historische Verbundenheit des Jesuitenordens mit dem Kollegium Kalksburg zeigt sich heute u.a. darin, dass ein Jesuit als Schulseelsorger zur Verfügung steht.